Rikyū sinh tại Sakai, nay thuộc Osaka. Cha ông là chủ nhà kho tên là Tanaka Yōhei (田中与兵衛／田中與兵衞 (Điền Trung Dư Binh Vệ), Tanaka Yōhei?), sau này cũng dùng tên họ là Sen, và mẹ ông tên là Gesshin Myōchin (月岑妙珎 (Nguyệt Sầm Diệu Trân), Gesshin Myōchin?). Tên thuở nhỏ của ông là Yoshiro.[2]

Khi còn trẻ, Rikyū học trà đạo với một người ở Sakai tên là Kitamuki Dōchin (1504–62),[3] vào năm 19 tuổi, thông qua sự giới thiệu của Dōchin, ông bắt đầu học về trà dưới sự hướng dẫn của Takeno Jōō, người cũng liên quan đến sự phát triển của thẩm mỹ wabi trong trà đạo. Ông được cho là có pháp danh Sōeki (宗易 (Tôn Dị), Sōeki?) do thầy tu Thiền tông dòng Rinzai (Lâm Tế) là Dairin Sōtō (1480–1568) ở chùa Nanshuji tại Sakai.[4] 19 tuổi, ông bắt đầu học trà đạo với Takeno Jōō, người cũng góp công trong việc phát triển nguyên tắc thẩm mỹ wabi trong trà đạo. Ông cưới một phụ nữ có tên là Hōshin Myōju (m. 1577) vào khoảng năm 21 tuổi.[5] Rikyū cũng đã từng trải qua thời gian tu tập Thiền tông tại chùa Daitoku-ji ở Kyoto. Cho tới khi ông nhận chức vụ trà sư, người ta không biết nhiều về những năm tháng tiếp theo trong cuộc đời của ông.